PT Bank BPD DIY dimiliki oleh Pemerintah Daerah Istimewa Yogyakarta dan seluruh Pemerintah Kabupaten dan Kota di wilayah Daerah Istimewa Yogyakarta. Berdasarkan Peraturan Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 11 Tahun 2012 tanggal 26 Desember 2012 tentang Perubahan Bentuk Badan Hukum Bank Pembangunan Daerah Propinsi Daerah Istimewa Yogyakarta Menjadi Perseroan Terbatas Bank Pembangunan Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta, modal dasar Bank BPD DIY ditetapkan sebesar Rp 1.000.000.000.000,-. Sampai dengan akhir tahun 2016 modal dasar tersebut telah disetor penuh sebesar Rp 1.000.000.000.000,-. 

Merujuk kepada keputusan Rapat Umum Pemegang Saham Tahunan PT. Bank Pembangunan Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta dengan Akta Nomor: 40 tanggal 21 April 2017 serta Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor AHU-0009719.AH.01.02.TAHUN 2017 Tentang Persetujuan Perubahan Anggaran Dasar Perseroan Terbatas PT. Bank Pembangunan Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta maka telah ditetapkan Modal Dasar PT. Bank Pembangunan Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta sebesar Rp 4.000.000.000.000,-. Komposisi kepemilikan modal sampai dengan akhir tahun 2016 dengan perincian sebagai berikut: