Museum yang terletak di dalam komplek Universitas Negeri Yogyakarta ini mengoleksi antara lain buku sekolah, arsip kepedidikan, dan media pembelajaran. Dengan area seluas 2.500 meter persegi, museum ini diresmikan oleh Sri Sultan Hamengkubuwono X pada tanggal 8 Juli 2008.

Jarak Museum Pendidikan Indonesia dari tempat ini adalah sejauh 24,1 km melalui Jalan Kaliurang, dan dapat ditempuh dalam waktu kurang lebih 52 menit.