Upaya pemerintah dalam pencegahan dan pengendalian penyakit menular adalah dengan menggunakan pendekatan keluarga dan GERMAS (Gerakan Masyarakat menuju Sehat). Upaya tersebut diarahkan pada beberapa kegiatan antara lain :  deteksi dini penyakit, pengendalian factor resiko, penanganan penyakit, peningkatan peran serta masyarakat, perlindungan masyarakat agar tidak terinfeksi serta peningkatan kualitas kesehatan masyarakat agar tidak terpapar penyakit. Prioritas utama upaya pencegahan penyakit menular tertuju pada beberapa penyakit, antara lain HIV & AIDS, Tuberculosis (TB), pneumonia, hepatitis, malaria, demam berdarah, influenza dan flu burung, serta penyakit neglected diseases antara lain kusta, frambusia, filariasis dan christosomiasis. (Direktorat Jenderal Pencegahan dan Pengendalian Penyakit, 2018)

Senada dengan hal tersebut, upaya pencegahan dan pengendalian penyakit menular juga sudah dilakukan oleh UPKM/CD Bethesda YAKKUM di beberapa wilayah di Indonesia Timur, Daerah  Istimewa Yogyakarta, Jawa Tengah dan Negara Timor Leste. Upaya yang dilakukan meliputi promotif, preventif, kuratif dan rehabilitative bekerjasama dengan Dinas Kesehatan Kabupaten/Kota serta dinas/lembaga pemerintahan terkait.

Indonesia Timur masih termasuk daerah endemic Tuberculosis (TB), Malaria, and Filariasis dengan angka masih tinggi walaupun ada intervensi program dari pemerintah dan organisasi lain. Kondisi kemiskinan, lingkungan yang tidak sehat, manajemen penanganan yang kurang baik, dan kurang gizi menambah tingginya angka penyakit menular jenis ini, di samping faktor geografis. Beberapa tahun terakhir yang dilakukan oleh CD Bethesda dalam penanganan TB dan Malaria adalah membangun kerjasama dengan pemerintah kabupaten, terutama Dinas Kesehatan, dengan mendorong dan mendampingi pemerintah desa mengalokasikan anggaran desa untuk program P2M dan bekerjasama dengan Puskesmas. Semua itu dilakukan dengan bertahap, diawali dengan melatih masyarakat dan pemerintah desa melakukan kunjungan dari rumah ke rumah dengan metode SALT (Support, Appreciation, Listening/Learning, Teamwork & Transfer). Dari kunjungan rumah menggunakan metode SALT ini, pemerintah dan tim mempelajari dan mendapatkan data penyakit (termasuk penyakit menular) yang dialami oleh masyarakatnya, selain potensi/sumberdaya solusi, lalu membahas dan menjadikannya prioritas program kesehatan yang didanai oleh desa. Di sinilah pemerintah desa juga harus menjalin kerjasama dengan Puskesmas untuk mengatasi TB dan Malaria.

Bentuk penanganan P2M yang lainnya adalah melatih tim kader desa dan keluarga pasien menjadi relawan pendamping minum obat, karena untuk penanganan TB dan HIV AIDS mengharuskan pasiennya mengkonsumsi obat rutin dan jangan sampai dropped out. Selain itu kader desa dan keluarga memastikan bahwa asupan gizi jangan sampai berkurang agar kesehatan pasien terjaga. Oleh karena itu program pangan lokal bergizi juga diprioritaskan agar kualitas kesehatan pasien penyakit menular terjaga. Kami melatih keluarga dan kader kesehatan cara membuat pangan bergizi menggunakan berbagai sumber daya lokal, termasuk minuman herbal untuk meningkatkan stamina pasien penyakit menular. Tentunya pendidikan dan promosi kesehatan untuk mencegah penularan TB dan malaria tetap dilakukan oleh desa dan Puskesmas.  

Bagaimana dengan HIV AIDS? Kasus HIV & AIDS ditemukan pertama kali di Indonesia tahun 1987 dan sampai saat ini masih menjadi permasalahan kesehatan utama di Indonesia, termasuk wilayah Jawa dan Indonesia Timur.  Beberapa permasalahan yang dihadapi adalah masih tingginya angka penularan HIV di masyarakat, tingginya angka putus terapi ARV dan tingginya kasus stigma dan diskriminasi terhadap Orang dengan HIV & AIDS (ODHA). Program HIV & AIDS yang dilakukan oleh UPKM/CD Bethesda YAKKUM dilaksanakan di Kabupaten Belu dan Kota Yogyakarta mulai tahun 2019 sampai dengan 2022. Program tersebut dilaksanakan dalam 3 komponen, yaitu : 1) Pencegahan secara struktural, 2) Pencegahan secara Biomedical, dan 3) Pencegahan melalui Perilaku, yang bertujuan untuk meningkatkan peran serta masyarakat dalam penanggulangan HIV dengan dukungan penuh dari Pemerintah. 

Pencegahan secara struktural secara umum dilakukan dalam rangka penguatan dukungan Pemerintah Daerah dalam program HIV & AIDS meliputi pengembangan kebijakan, advokasi peningkatan penganggaran dan peningkatan kapasitas pemangku kebijakan dalam melaksanakan program. Pencegahan secara biomedical dilakukan dalam rangka penguatan layanan kesehatan, meliputi peningkatan kapasitas petugas kesehatan, dukungan pemeriksaan Infeksi Menular Seksual (IMS) dan layanan Tes HIV mobile. Pencegahan melalui perilaku dilakukan dengan tujuan peningkatan peran serta masyarakat meliputi peningkatan kapasitas Warga Peduli AIDS (WPA), peningkatan kapasitas dan dukungan bagi ODHA dan OHIDHA, pemberian edukasi kepada masyarakat umum serta kampanye penanggulangan HIV & AIDS.