CD Bethesda adalah lembaga nonprofit berfokus pada pelayanan kesehatan dan membantu masyarakan terpencil dan komunitas terpinggirkan. CD Bethesda berdiri pada tahun 1974, setelah dideklarasikan pada Rapat Rencana Kerja Yayasan Kristen untuk Kesehatan Umum (YAKKUM) bahwa masing – masing unit YAKKUM harus menyebarkan pelayanan mereka lebih komprehensif melalui usaha pengembangan kesehatan, untuk melayani masyarakat yang tidak dapat mengakses pelayanan kesehatan di dalam dinding rumah sakit. Pada saat itu namanya menjadi Usaha Peningkatan Kesehatan Masyarakat/ Community Development Unit RS Bethesda, disingkat menjadi CD RS Bethesda. Aktivitas pertamanya adalah membangun Pusat Pengembangan Desa di Tamanmartani, Yogyakarta dan menyelenggarakan program pelatihan pertanian yang diberi tema “Program Pelatihan Kepemimpinan Pemuda Desa”. Program yang ditujukan untuk masyarakat dalam pembasmian hama tanaman di Kecamatan Kalasan, Sleman, Yogyakarta. 

Sejak tahun 1979, CD Bethesda mulai menentukan langkah strategisnya sebagai lembaga pelayanan kesehatan secara holistik, untuk mendukung pembentukan masyarakat yang makmur, sehat dan mandiri. Hal ini muncul sebagai hasil refleksi CD Bethesda pada waktu itu, dan diinspirasi oleh Deklarasi Alma Ata yang menyebutkan tentang Pelayanan Kesehatan Primer oleh WHO-Unicef pada tahun 1978 dan kesadaran akan pentingnya pelayanan kesehatan holistik. Kami sadar bahwa “Pelayanan yang dilakukan oleh CD Bethesda bukan pelayanan holistik, jadi harus diubah dan diintegrasikan dengan pelayanan rumah sakit.” (testimoni drg. Paulus , Rumah Sakit Tanpa Dinding, hal. 8). Sejak saat itu, CD Bethesda menjalankan mandat RS Tanpa Dinding dengan menempatkan strategi sebagai lembaga pelayanan kesehatan holistik dan primer sampai dengan sekarang ini.

Sejak berdiri tahun 1974 itu, program CD Bethesda meliputi hampir di seluruh wilayah Indonesia, dari Papua hingga Aceh, termasuk Timor Timur yang sekarang menjadi negara sendiri bernama Timor Leste. Dengan pengembangan program yang tidak ansih kuratif, tetapi juga promotive, preventif dan kerja-kerja advokasi, CD Bethesda merasa harus menjadi lebih mandiri. Oleh sebab itu, pada Januari 2016 CD Bethesda dimandirikan tidak lagi menjadi bagian dari RS Bethesda Yogyakarta, tetapi langsung di bawah naungan YAKKUM. 

Pada awal pendiriannya sampai dengan tahun 1986, CD Bethesda dipimpin oleh drg. Paulus H. Santosa, kemudian dr. Guno Samekto dan sebagai koordinator operasional Drs. Widodo HS (1986 - 1991), Sigit Wijayanta,SH,M.Kes,Ph.D (1991-2001), Drs. Andreas Subiyono (2001-2004), dr. Sugiyanto, Sp.S, M.Kes, Ph.D (2004 – 2005), Paula Hartyastuti, S.S. M.Si (2005-2016), dan Sri Bayu Sela Adji, S.Psi.,MPD (2016 – sekarang).